在耕地保护实践中，恢复和提升农田生态系统服务功能等生态管护相对滞后，对此，建议从多维度强化耕地数量、质量和生态“三位一体”管护。
一是基于国家生态安全格局，构建耕地安全边界战略格局。随着对国土空间的系统认知不断深化，我国提出构筑“四屏四带”和三个廊道的网络化国家生态安全格局。未来应系统分析国土空间格局与农业战略格局之间的关系，构建耕地安全边界格局。
二是关注人地关系变化，制定三大空间耕地生态保护修复策略。随着城镇化、人口迁移和农业规模化发展，城镇、生态和农业三大空间的人地关系会发生根本变化，应结合国土空间规划制定三大空间耕地及其农田生态管护政策、方法和技术。
三是践行山水林田湖草生命共同体理念，系统推进全域土地综合整治和生态修复。耕地生态管护应从更大尺度上整合土地整治和生态修复内容，统筹各类工程推进空间格局优化、土地综合整治、高标准农田建设、面源污染防治、生物多样性保护等，通过增强农田韧性来应对未来不确定性。
四是按照“基于自然的解决方案”准则，推行生态占补平衡。农田基础设施建设应权衡资源利用效率、水质净化、生物多样性保护、成本—效益、维护需求等，推行生态占补平衡。以加强建设改进管理为手段，稳步提升耕地碳汇，为实现2060碳中和目标做贡献。
五是农田生态管护应尽可能落实到最直接的利益相关者，逐步构建并完善以村集体、农户为主体的工程技术生态补偿政策和生态管护制度。