耕地生态保护就是在一定时空尺度范围内，保护耕地结构和功能、协调耕地与周边生态系统关系、增强耕地可持续利用能力。
构建耕地生态保护体系，维持耕地可持续生产能力，需要重点处理好三个关系：一是耕地当前生产功能与未来地力维持的关系，重点探讨耕地生态平衡维持机理与技术途径、退化耕地地力提升技术体系、基于区域耦合系统途径的耕地地力维持方法、精准农业技术与智能农业装备、耕地地力维持的政策机制。二是耕地生产功能与生态功能之间的权衡关系，重点探讨权衡的时间动态及空间尺度特征，产品生产功能与土壤保持、水源涵养等调节服务权衡机制及生态效应，耕地多功能维持机制、定量表征与协调途径等。三是耕地与周边生态系统的偶联关系。重点探讨区域农田景观授粉服务的维持机制与授粉昆虫生态保护体系，区域农田有害生物调控的景观机制与生态调控体系，耕地生产对周边生态系统的影响（如面源污染等）与调控途径，耕地生产与生态功能对周边生态系统（森林、草地、湿地等）的依赖特征与协同保护方法，周边生态系统对耕地生产功能的支撑作用（水源涵养、土壤保持、防风固沙等）与调控方法。